リベットの芯棒が完全に引き抜かれています。リベット留め後にリベット本体に貫通穴が残った状態でも問題ないでしょうか？

不適格と判断すれば、これはリベット接合不良に該当します。前述のとおり、この時のリベットはリベットとしての機能を果たしておらず、単にピンとして機能しているだけです。